R'da Paket Kurulumu

R’a eklenti olarak paket kurmak oldukça kolay. Öncelikle ihtiyacınız olan analizlere ilişkin paketleri R’ın sitesinden bulabilirsiniz:

http://cran.ncc.metu.edu.tr/web/packages/available_packages_by_date.html

Örneğin benim analiz etmek istediğim interrater reliability olduğu için Kappa analizine yönelik paketlere ihtiyaç duyuyorum. Sayfada CTRL+F ile arama yaparak kendinize uygun paketler bulabilirsiniz. Toplamda 5 tane paket kuracağım ve kuracağım paketler şunlar:

  1. ICC: Facilitating Estimation of the Intraclass Correlation Coefficient
  2. KappaV: Calculates “vectorial Kappa”, an index of congruence between patchy mosaics
  3. irr: Various Coefficients of Interrater Reliability and Agreement
  4. raters: A Modification of Fleiss’ Kappa in Case of Nominal and Ordinal Variables
  5. KappaGUI: GUI for Cohen’s and Fleiss’ Kappa

Paket isimleri şu şekilde: ICC, KappaV, irr, raters ve KappaGUI.

Gelelim kuruluma. R konsolunu açtıktan sonra “install.packages” komutu ile paketleri kurabiliyorsunuz. “install.packages” fonksiyonu R’da ki diğer fonksiyonlar gibi vektör kabul ediyor. Yani bu fonksiyon içerisinde birden çok paketin kurulmasını söyleyebilirsiniz. Örneğin tek bir paket:

veya birden çok paket:

Bazı paketler uzun zamandır güncellenmediği için kullandığınız R sürümüyle uyumlu olmayabilirler. Bu durumda şöyle bir hata mesajı alırsınız:

Ek olarak R paketlerinin dependency olarak tanımlanmış paketleri de otomatik kurduğunu belirteyim. Yani örneğin irr’yi kullanabilmek için ICC’ye ihtiyaç duyuluyorsa R bunu da otomatik olarak kuracaktır.

Her şey yolunda gittiyse paketleriniz kurulmuş olmalı. R’da kurmuş olduğunuz paketleri kullanabilmek için ise mevcut oturumda o paketleri çağırmanız da gerekmekte. Bunu da şu şekilde yapabilirsiniz:

Herhangi bir paketi mevcut oturumdan kaldırmak içini ise detach komutu kullanılıyor:

Kolaylıklar.

Ubuntu 14.04 R Kurulumu

R programlama ortamını Ubuntu makinenize kurmak için öncelikle CRAN mirror listesinden kendinize uygun bir sunucu seçin. Ben Türkiye lokasyon olduğu için Pamukkale Üniversitesi sunucularını kullanacağım:

http://cran.pau.edu.tr/bin/linux/

R kurulumunu kolayca yapabilmek için PAÜ CRAN adresinin, kullandığınız Ubuntu sürümüne göre kaynak dosyasına eklenmesi gerekiyor. Benim sistemim 14.04 Trusty olduğu için bu sürüme yönelik adımları takip edeceğim. Öncelikle kaynak dosyasını (/etc/apt/sources.list.d/r-cran.list) oluşturalım ve PAÜ CRAN adresini ekleyelim:

Kaynağı ekledikten sonra Michael Rutter (marutter@gmail.com) tarafından E084DAB9 ID’si ile imzalanmış olan GPG anahtarını ekleyin:

Daha sonra kurulumu gerçekleştirebilirsiniz:

Herşey yolunda gittiyse R paketleri /usr/lib/R/library/ altına kurulmuş olmalıdır.

Konsolda büyük R ile R’ın çalışıp çalışmadığını kontrol edebilirsiniz:

Ubuntu için, Ubuntu Yazılım Merkezi’nden kurabileceğiniz 2 tane popüler görsel R arayüzüde bulunmakta. Bunlardan birisi RKWard, diğeri ise RStudio.

RStudio Kurulumu için: http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

RKWard Kurulumu için: Bknz. Ubuntu Yazılım Merkezi